一）菩提祖师的身世之谜
在整部《西游记》中，我们无法确切知道菩提祖师的来历，因为就连如来佛祖也不知道。
《西游记》第八回中，如来言曰：“我西牛贺洲者，不贪不杀，养气潜灵，虽无上真，人人固寿”。
而菩提祖师正是身在西牛贺洲灵台方寸山，座斜月三星洞中传道。以菩提祖师的修为和本领，如果称不上上真，那才叫无知可笑。
《西游记》第一回中，写孙悟空初见菩提老祖的情形，“见那菩提祖师端坐在台上，两边有三十个小仙侍立台下。果然是：大觉金仙没垢姿，西方妙相祖菩提；不生不灭三三行，全气全神万万慈。”
大觉金仙没垢姿，西方妙相祖菩提；不生不灭三三行，全气全神万万慈。这是什么修为？
即使说如来是为了表示自己的谦虚才这样做作，但谦虚也只能是对自己人谦虚，菩提祖师又不是他佛家的，他凭什么替人家谦虚？
如来这样说，只有两种可能，第一是要么他就是菩提，要么他不知道有菩提这个人存在。
如来显然不可能那么无聊，假扮成菩提祖师教会孙悟空通天本领，然后又纵容他大闹天宫，最后把他压在五行山下，这样做毫无意义。
所以说，只能是第二种可能，如来根本就不知道菩提祖师的存在。
试想一下，以如来的本领，竟然不知道一个牛叉哄哄的人物在自己眼皮底下传道，而且教出孙悟空这种徒弟，那菩提祖师的实力该有多恐怖！
还有，须菩提祖师是儒释道三教皆通的绝世高手，不论孙悟空想学那一家的本领，菩提祖师都有把握教好他，这一点连如来和太上老君都不一定做得到。
《西游记》第二回中这样写：
祖师道：“你今有缘，我亦喜说。既识得盘中暗谜，你近前来，仔细听之，当传与你长生之妙道也。”
悟空叩头谢了，洗耳用心，跪于榻下。祖师云：知显密圆通真妙诀，惜修性命无他说。都来总是精气神，谨固牢藏休漏泄。古休漏泄，体中藏，汝受吾传道自昌。口诀记来多有益，屏除邪欲得清凉。斋得清凉，光皎洁，好向丹台赏明月。月藏玉兔日藏乌，自有龟蛇相盘结。主相盘结，性命坚，却能火里种金莲。攒簇五行颠倒用，功完随作佛和仙。
随做佛和仙，这等霸气，太上老君和如来哪里比得上？
而且最神秘的是，诸天神佛可是想破脑袋也想不出孙悟空的本领从哪里来。
如来收复孙悟空时，说：“你那厮乃是个猴子成精，焉敢欺心，要夺玉皇上帝尊位？”还质问孙悟空：“你除了生长变化之法，在有何能，敢占天宫胜境？”
把孙悟空当成成精的猴子，连孙悟空的具体本领都不知道，还得让人家自己供出来，我不知道如来佛祖能知过去未来的本领到哪儿去了。
菩提祖师也只能笑而不语了。
（二）菩提祖师为何昙花一现
然而菩提祖师为什么昙花一现即告消失呢？
虽然在六小龄童版西游记中，医治人参果树的时候，电视剧中安排了一段孙悟空求见菩提祖师而不获的情景，但是书中是没有的。也即自从孙悟空从斜月三星洞出走以后，菩提祖师再没有出现过。原著对此只字不提。此是为何？
笔者认为，菩提祖师是作者的另一种暗寓。
菩提祖师是世外高人，很高很高的那种，他法力无边，徒弟众多，品德高尚，口碑甚好，完全可自成派系，作者对此作了详细的铺垫，然而即使高如菩提，也对当时的统治力量无能为力，只能隐居授徒传道。
这就是作者暗寓的一个时代的悲哀，一个时代的无奈。
菩提祖师知道孙悟空代表什么，也知道孙悟空追求什么，甚至知道孙悟空将来会闯下怎样的弥天大祸，但他还是传授给孙悟空了通天的本领，这说明菩提祖师对绝对的自由也是向往的，但这也正是他的痛苦之处。
虽然向往，却无能为力，无可奈何。
在一个巨大的时代背景之下，一个本领再高的人只能是一个悲剧，只能表示服从。
所以，菩提祖师只能是昙花一现，他在教授孙悟空本领之后，他的使命已经完成，他知道孙悟空的道路行不通，迟早要被扼杀，因此在《西游记》第二回中，他赶走孙悟空的时候，有这么一段场景。
悟空领罪，“上告尊师，我也离家有二十年矣，虽是回顾旧日儿孙，但念师父厚恩未报，不敢去。”
祖师道：“那里甚么恩义？你只是不惹祸不牵带我就罢了！”
悟空见没奈何，只得拜辞，与众相别。
祖师道：“你这去，定生不良。凭你怎么惹祸行凶，却不许说是我的徒弟。你说出半个字来，我就知之，把你这猢狲剥皮锉骨，将神魂贬在九幽之处，教你万劫不得翻身！”
悟空道：“决不敢提起师父一字，只说是我自家会的便罢。”
菩提祖师之所以这样交待，一是说明了菩提祖师很了解孙悟空的脾性；而是说明菩提祖师不愿意孙悟空闯祸，但又无能为力；三是表达了菩提祖师对统治力量的无能为力。
这就是菩提祖师昙花一现的原因。
个人永远无法跟一个时代抗衡，孙悟空如此，菩提也是如此。
（三）菩提祖师的启示
菩提虽然不能与他所处的时代抗衡，但是他很好地诠释了达则兼济天下，穷则独善其身的封建士大夫的理想追求，这也是吴承恩老爷子的追求。
菩提祖师隐居在西牛贺洲，对身为弱者的普通民众，他传道授徒，布施百姓，正是兼济天下的表现；对身为强者的诸天仙佛，他不同流合污，而是默默无闻，这是独善其身的具体体现。
菩提祖师不让孙悟空说出自己，不是因为他软弱，而是因为他睿智，如果他允许孙悟空拿自己撑腰，以孙悟空的性格，必然会更加天不怕、地不怕。不让孙悟空说出自己来，既成全了孙悟空，又成全了自己。
成全孙悟空在于不让孙悟空连累自己以至于背上毁师灭祖的不仁不义之名；成全自己在于让自己继续远离俗世，长隐于这灵台方寸山中。
所以，有时候，当你不适应你所处的环境时，不要试图改变它，因为你根本改变不了。最好的办法是要么你学着适应它，要么你就自己经营一个小圈子，快快乐乐地活在自己的小圈子里，独善其身。